財政部台北國稅局表示，企業若同時有房地合一2.0所得（適用20～45％房地合一稅率）與當年度營業所得（多半適用營所稅率20％），雖然是分開計稅，但同樣歸屬營所稅額，可一併適用投資抵減額度抵稅。
我國房地合一2.0自去年下半年上路，主要為增加課稅標的預售屋，並將法人列入短期交易課重稅對象。若企業出售持有兩年內不動產則適用45％稅率、兩年到五年內為35％、五年以上皆為20％，採分開計稅，惟每年申報營所稅時合併報繳。
按照所得稅法第24-5條規定，企業房地合一2.0以當年度房屋、土地交易所得損失計算，再依其收入減除成本費用。
企業若有交易土地情況，需先繳土地增值稅，在列報房地合一所得時，可減除土地漲價總數額部分的土增稅額；另企業可按實際成交價額3％計算必要費用（預售屋則為轉賣價格），以30萬元為限。
官員指出，如果企業同時有房地合一2.0稅額與所得稅額，因為都屬於營所稅範圍，其投資抵減優惠可一併減免，惟依照產創條例與所得稅法規定，企業單項租稅優惠不能超過應納稅額30％，而全部租稅優惠總計數需低於應納稅額50％。
舉例來說，A公司今年5月申報去年度營所稅，其營所稅額總計為120萬元，受惠於去年房市景氣回溫，A有90萬元是出售不動產的房地合一2.0稅額，剩下30萬元則為A公司營業所得產生的營所稅額。
同時，因A適用產創研發投抵，當年度的300萬元研發支出可依支出金額15％內抵減當年度營所稅，即為45萬元，但因為超出產創條例上限（當年度應納營所稅額120萬元的30％），只能抵減36萬元，即為營業所得的30萬元稅額外，另抵減6萬元的房地合一稅額。